便乗で質問させてください。
「利用された金額がカードからだけ引かれ、サーバーに送られていないことが原因」であるならば、利用金額をサーバーに送ればよいだけに思えたのですが、
「サーバー上に残った残高を利用できる様にしなくてはなりません。そのためにカードにその金額をチャージさせてください。」となるのが？？？です。

システムの不具合でサーバー上に残っていた金額を、迷惑をかけたお詫び的な意味合いでサービスするということでしょうか。